投资者办理上海证券交易所的全面指定交易，一般可分为以下四个步骤：
第一，应选择一家综合条件较好的证券营业部为全面指定交易代理机构。
第二，应持本人身份证和证券账户前往已选定的全面指定交易代理机构，与该机构签订《指定交易协议书》。
第三，投资者指定的证券营业部须向上海证券交易所电脑交易主机申报证券账户的指定交易指令;在经证券营业部审核同意后，投资者也可通过证券营业部的电脑自助申报系统自行完成证券账户的指定交易申报。
在申报的过程中，证券账户指定交易指令的申报代码为"799999",数量“1”买卖方向为“买入”、价格为“1”。需要指出的是，无论投资者采用上述哪种申报方式，都必须与指定交易所属证券营业部签署《指定交易协议书》，以明确双方的责权利关系。
第四，上海证券交易所电脑交易主机接受证券账户的指定交易指令，指定交易即刻生效。
个别证券营业部为了争取客户，在没有与投资者签订《指定交易协议书》的情况下，擅自将投资者账户指定在自己的证券营业部，其行为已构成对投资者合法权益的侵害，因此须承担由此引起的法律责任。
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